PicoPLEX DNA-seq Kit試劑盒參數(shù)

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Rubicon Genomics? ? ? ?R300381? ? ? ? PicoPLEX DNA-seq Kit? ? ? ?48Rxns

Illumina單細(xì)胞起始高再現(xiàn)性測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建

PicoPLEX? DNA-seq Kit

· 高再現(xiàn)性：拷貝數(shù)變異（CNV）及染色體異倍性檢測(cè)重復(fù)性高

· 完整的文庫(kù)構(gòu)建試劑：包含所有文庫(kù)構(gòu)建所需試劑

· 簡(jiǎn)便的工作流程：從單細(xì)胞到測(cè)序可用文庫(kù)僅需三步

· 快速：3小時(shí)內(nèi)完成Illumina NGS文庫(kù)構(gòu)建

· 低污染、低錯(cuò)誤發(fā)生率：?jiǎn)喂軆?nèi)完成文庫(kù)構(gòu)建，無(wú)需轉(zhuǎn)移

產(chǎn)品說(shuō)明：

PicoPLEX? 技術(shù)過(guò)去常結(jié)合基因芯片技術(shù)用于檢測(cè)單細(xì)胞層面基因拷貝數(shù)變異，現(xiàn)在可以在單管中構(gòu)建Illumina NGS分析的文庫(kù)。PicoPLEX? WGA在全球被IVF行業(yè)供應(yīng)商信賴并用于胚胎植入前遺傳學(xué)篩查和診斷（PGS/PGD）。

PicoPLEX? DNA-Seq Kit簡(jiǎn)化了文庫(kù)制備的過(guò)程；整個(gè)制備過(guò)程可在單管或單孔中完成，降低了錯(cuò)誤和樣品污染的概率，加速了實(shí)驗(yàn)進(jìn)程，并且削減了實(shí)驗(yàn)成本。PicoPLEX? DNA-Seq Kit具有48次反應(yīng)規(guī)格，具備完整的48個(gè)單獨(dú)細(xì)胞或DNA（6 pg至60 pg）起始的NGS文庫(kù)構(gòu)建試劑，包括dual Barcodes。單微孔板中含有Barcoding Oligonucleotides。

圖1. PicoPLEX 技術(shù)概要

PicoPLEX DNA-seq基于Rubicon Genomics的PicoPLEX技術(shù)，用于單細(xì)胞基因組DNA（gDNA）擴(kuò)增，該技術(shù)使用多重循環(huán)的隨機(jī)引物進(jìn)行可重復(fù)文庫(kù)構(gòu)建。 PicoPLEX DNA-seq Kit遵循PicoPLEX WGA Kit的相同三步工作流程，包括細(xì)胞裂解，預(yù)擴(kuò)增和zui終擴(kuò)增。首先，特制配方裂解細(xì)胞并打斷DNA。接著，專門(mén)設(shè)計(jì)的隨機(jī)引物通過(guò)對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行zui小限度的擴(kuò)增來(lái)選擇性地預(yù)擴(kuò)增DNA，以產(chǎn)生高度可重現(xiàn)的文庫(kù)。zui后，用包含Illumina雙重條形碼的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增得到測(cè)序就緒文庫(kù)。

圖2. PicoPLEX DNA-seq測(cè)序工作流程。用于Illumina NGS平臺(tái)測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建的主要步驟，其中PCR板可用單管代替。

圖3. 染色體異倍性分析的重復(fù)性。經(jīng)流式細(xì)胞儀分選出11個(gè)不同步的H929細(xì)胞，使用本試劑盒制備文庫(kù)后，經(jīng)MiSeq測(cè)序，將獲得的35個(gè)base single-end reads比對(duì)到人類基因組，對(duì)總計(jì)250,000 reads進(jìn)行分析，各細(xì)胞得到的結(jié)果相同，顯示了很高的重現(xiàn)性。

圖4. NGS與Array分析的比較驗(yàn)證。使用同一胚胎單細(xì)胞庫(kù)分別進(jìn)行Array和NGS分析，確認(rèn)本制品和24 sure array（Illumina）兩者的等效性。NGS的結(jié)果與Array的結(jié)果一致。測(cè)序結(jié)果顯示：2p檢測(cè)到末端丟失（圖示），12q檢測(cè)到末端增加（數(shù)據(jù)未展示），經(jīng)高分辨率的FISH分析確認(rèn)，是與親代DNA漏檢的易位相關(guān)。

*數(shù)據(jù)來(lái)源于Genetics & IVF Institute.

圖5. 無(wú)需進(jìn)行文庫(kù)定量。采用流式細(xì)胞儀分選的不同步的H929細(xì)胞，使用本試劑盒進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建后，Miseq平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。由于本產(chǎn)品高重復(fù)性的特點(diǎn)，在文庫(kù)pooling前無(wú)需進(jìn)行定量。注: 圖中空白的條帶表示該位置處細(xì)胞缺失。

產(chǎn)品組成

· Cell Extraction Buffer（Green）?細(xì)胞提取緩沖液

· Extraction Enzyme Dilution Buffer（Violet）細(xì)胞提取緩沖液

· Cell Extraction Enzyme（Yellow）細(xì)胞提取酶

· Pre-Amp Buffer（Red）細(xì)胞提取酶

· Pre-Amp Enzyme（White）預(yù)擴(kuò)增酶

· Amplification Buffer（Orange）擴(kuò)增緩沖液

· Amplification Enzyme（Blue）擴(kuò)增酶

· Nuclease-Free Water（Clear）無(wú)核酸酶水

· Dual Index Plate雙端index 微孔板

· Quick Protocol雙端index 微孔板

樣本

上樣量：該試劑盒每次反應(yīng)可容納5μL加樣量（細(xì)胞和緩沖液zui高2.5μL）。如果細(xì)胞在1x PBS中，則不要超過(guò)2.5μL的PBS。

適用樣本：1-10個(gè)哺乳動(dòng)物細(xì)胞（例如卵裂球，極體，滋養(yǎng)層細(xì)胞，羊膜細(xì)胞，CTC，培養(yǎng)細(xì)胞）；分離的DNA（6 pg – 60 pg人類DNA）；超過(guò)50 pg加樣量是可能的，但需要在步驟6和10處優(yōu)化；分選的染色體。

樣本采集兼容方法：流式分選（不要固定），稀釋和顯微操作與PicoPLEX DNA-seq兼容。

細(xì)胞洗滌：建議在PBS（不含鈣，鎂和BSA）中洗滌并限制洗滌緩沖液低于2.5μL。

反應(yīng)時(shí)間

PicoPLEX DNA-seq試劑盒可在<3小時(shí)內(nèi)裂解細(xì)胞并準(zhǔn)備好含indexes的NGS適用文庫(kù)。

運(yùn)輸和存儲(chǔ)：PicoPLEX DNA-seq試劑盒（目錄號(hào)R300381）在干冰上運(yùn)輸。試劑盒應(yīng)在抵達(dá)后保存在-20°C。

質(zhì)量控制：PicoPLEX DNA-seq Kit使用新一代測(cè)序（NGS）對(duì)應(yīng)規(guī)格進(jìn)行測(cè)試，以確保產(chǎn)品質(zhì)量和一致性。

安全信息：遵循標(biāo)準(zhǔn)的實(shí)驗(yàn)室安全程序并穿戴合適的實(shí)驗(yàn)服，防護(hù)眼鏡和一次性手套，以確保人身安全并減少樣品制備和后續(xù)擴(kuò)增反應(yīng)過(guò)程中潛在的交叉污染。更多信息請(qǐng)參閱相應(yīng)MSDS。

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