UID轉錄組建庫試劑盒

• 省時??同時構建8個文庫僅5小時，時間節(jié)省30％
• 省力??無需第二鏈合成等步聚，操作簡便
• 省心??建庫起始量低至100ng
• 精確??測序結果與qPCR結果高度一致

? ? ? 轉錄組為特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有 RNA，主要包括mRNA，某些情況下也包括非編碼 RNA。轉錄組測序利用高通量測序技術，快速且全面地揭示某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本信息，包括轉錄本表達量、可變剪接體、可變 polyA 位點等。

? ??? 絕對定量轉錄組測序（KC-DigitalRNA-seq），在文庫擴增之前為每一條 RNA 片段加上特有的身份標簽（Unique Identifier，UID）。那么同一個片段擴增出來的產物均帶有相同的標簽，而天然重復片段則帶有不同的標簽。測序完成后利用 UID 過濾數(shù)據，將相同標記的擴增產物進行合并，就能準確去除 PCR 擴增重復、同時保留樣本的天然重復，一比一準確還原樣本擴增前的原始狀態(tài)。在此過程中，PCR 擴增和測序錯誤同樣可以被糾正：擴增和測序的錯誤會使得相同 UID 標簽對應多個不同的序列，那么只需比較這些序列的相似性，即可糾正這些錯誤。

測序結果對比

??KC-DigitalRNA 建庫方法 VS 基于 dUTP 鏈特異性的 RNA 建庫方法

? ? ?KC-DigitalRNA 建庫方法采用獨特的 splint ligation（單鏈加接頭）方法，省去了 cDNA 第二鏈的合成、修復和加 A 的步驟，建庫總時長縮短 1~2 小時。

測序數(shù)據分析

? ? ? raw data 進行質量控制后，測序數(shù)據（clean data）重復序列水平結果如下圖所示：

? ? ? ??不計算 UID 特有識別序列時，重復次數(shù)為 1 的 reads（unique reads）的比例約為 18%，計算 UID 特有識別序列時，unique reads 的比例提高到約 28%。在總 reads 中，PCR 擴增產生的重復 reads 約占 10%。通過對多個樣本的統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)，在總 reads 中 PCR 擴增產生的重復 reads 約占 8%~11%。

KC-DigitalRNA 測序結果 VS 常規(guī)轉錄組測序結果

（1）常規(guī)轉錄組和 KC-DigitalRNA 測序篩選差異表達基因的結果

clean_up:常規(guī)轉錄組測序篩選獲得的差異上調基因
UID_filter_up: KC-DigitalRNA 測序 UID 過濾后篩選獲得的差異上調基因
clean_down:常規(guī)轉錄組測序篩選的差異下調基因
UID_filter_ down: KC-DigitalRNA 測序 UID 過濾后篩選獲得的差異下調基因

（2）常規(guī)轉錄組和 KC-DigitalRNA 測序結果通過 qPCR 驗證

? ? ?常規(guī)轉錄組測序與 qPCR 定量結果的相關系數(shù) R2 為 0.859，KC-DigitalRNA 測序與 qPCR 定量結果的相關系數(shù) R2 達到 0.985。

KC-DigitalRNA 建庫方法不同起始量建庫測序結果

? ? 分別使用 100ng、500ng、1ug 作為建庫起始量，并將不同建庫起始量的測序結果進行相關性分析相，皮爾遜相關系數(shù)關系數(shù) R2均在 0.97 以上。

A：unique reads比例提升。不計算UID標簽序列時，重復次數(shù)為1的reads（unique reads）的比例約為18%，計算UID標簽序列時，unique reads的比例提高到約28%。多個樣本統(tǒng)計顯示，在總reads中PCR擴增產生的重復約占8％－11％
B：與qPCR結果高度一致，分別用UID轉錄組建庫測序和qPCR檢測表達倍數(shù)變化，兩種方法的結果相關性達到0.985

C：不同建庫起始量相關性高。分別使用1ug、500ng、100ng起始量進行建庫測序，不同起始量的結果皮爾遜相關系數(shù)R²均超過0.978

轉錄組建庫試劑盒產品信息

? ????貨號? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?名稱? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?規(guī)格

DRO85－01? ?? ? ?KC-Digital^TM?Stranded?mRNA-seq?Library?Prep?Kit??for Illumina^{?? ? ? ? ? ? ? ? ?24 rxn}

DRO85－02? ? ? ? KC-Digital^TM?Stranded?mRNA-seq?Library?Prep?Kit??for Illumina^{?? ? ? ? ? ? ? ? ?96?rxn??}

DLRO87－01? ? ? ?KC-Digital^TM?Total?RNA-seq?Library?Prep?Kit?for?Illumina^{?? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 24rxn??}

DLRO87－02? ? ? ?KC-Digital^TM?Total?RNA-seq?Library?Prep?Kit?for?Illumina^{?? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??96?rxn?}