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當(dāng)前位置:

高通量測序解決方案助力新冠病毒研究

 

2019年底突如其來的新型冠狀病毒,讓我們再次認識到了廣泛分布且種類繁多的病原微生物對人類的威脅。面對一場突如其來的疫情,既要采用科學(xué)的手段快速發(fā)現(xiàn)并認識病原微生物,同時也要基于科學(xué)的認識制定可行的臨床檢測和治療方案。新興的高通量基因測序技術(shù)通過直接對病毒基因組進行全面分析,對于2019-nCoV的首先確認、動態(tài)分析、進化來源以及致病機制、傳播途徑研究等具備了無可比擬的優(yōu)勢。

作為分子生物學(xué)領(lǐng)域的行業(yè)領(lǐng)導(dǎo)者,QIAGEN旗下多款經(jīng)典病毒核酸純化試劑盒就以其回收率高、核酸純度高、多樣本兼容性的優(yōu)勢在2019-nCoV實驗檢測環(huán)節(jié)中 做好準備。同時QIAGEN提供了基于不同技術(shù)和方法的檢測方案,包括高通量測序技術(shù)方案。

 

 

除了新型冠狀病毒外,近年來造成人類感染的病原微生物也日益復(fù)雜,同時抗菌藥物濫用與細菌耐藥已成為全球關(guān)注的焦點。如今,高通量測序已經(jīng)迅速成為臨床實驗室的重要檢測平臺,延展并提高了經(jīng)典微生物方法的檢測能力,

 

病毒核酸全轉(zhuǎn)錄組擴增

實際的檢測過程中可能拿到的并非都是最佳樣本,如來自上呼吸道的咽拭子就因其自身病毒含量低而極易造成檢測假陰性。面對這樣的現(xiàn)實困境,我們在提高核酸產(chǎn)量、質(zhì)量的同時,也可以借助 “全轉(zhuǎn)錄組擴增技(WTA)”技術(shù)對核酸進行均等的放大,解決樣本量不足的難題。

基于QIAGEN充分優(yōu)化改良的 “多重置換擴增(MDA)”技術(shù),REPLI-g WTA Single Cell能夠針對單個細胞或pg級純化RNA進行快速的全轉(zhuǎn)錄組擴增。區(qū)別于傳統(tǒng)PCR類擴增方法,REPLI-g可在等溫條件下進行均等、高保真的高靈敏度擴增,雙鏈cDNA產(chǎn)物非常適用于下游進行高通量測序(二代或三代測序)、PCR等方法檢測,也多次被運用于類似疫情的檢測方案中,如在2014年西非埃博拉病毒以及2016年中國南方的寨卡病毒疫情方案中,來自中國疾控中心、廣東省疾控中心等單位的研究人員就已將REPLI-g應(yīng)用在對抗疫情的實戰(zhàn)中。

人源等宿主rRNA去除

疫情檢測所采用的樣本絕大多數(shù)來自呼吸道、血液等,純化后的核酸產(chǎn)物中還存在著大量的人源RNA,占用大量數(shù)據(jù)的同時還會對結(jié)果的準確性產(chǎn)生潛在影響。通過對測序的結(jié)果進行分析,我們可看到人源rRNA序列占比極高,因此我們可以通過去除人源rRNA等手段來部分解決這一問題。此時,又到了QIAseq FastSelect展現(xiàn)其真正實力的時候了!

借助獨特的“黑科技”,僅需通過簡單的1步加樣以及一段程序性降溫孵育,無需任何純化步驟,便能在14分鐘內(nèi)完成樣品中人源或其他哺乳動物來源rRNA的高效去除。這一過程可與REPLI-g WTA Single Cell Kit以及幾乎所有其他的逆轉(zhuǎn)錄試劑盒、RNA建庫試劑盒相兼容,在避免因多步純化而造成病毒核酸損失的同時,還可極為快速地完成rRNA去除這一限速步驟。此外,如果在糞便、肛拭子等樣本中存在較多的細菌組分,我們也同樣可以利用QIAseq FastSelect 5S/16S/23S Kit結(jié)合QIAseq FastSelect HMR Kit在一步流程中同時完成全部細菌和宿主rRNA的去除,十分便捷。

產(chǎn)品名稱 ?????????貨號

QIAseq FastSelect -rRNA & -Globin HMR Kit???334386

NGS文庫構(gòu)建

在完成rRNA去除并對RNA進行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)(含二鏈合成)后,一款高效的建庫試劑盒是完成cDNA樣品文庫構(gòu)建的測序前關(guān)鍵步驟。KAPA?KK8514 DNA HyperPlus文庫構(gòu)建試劑盒

貨號:KK8514,整合了DNA酶切片段化及文庫構(gòu)建步驟,所有反應(yīng)均在一管中完成。酶切片段化可以降低DNA末端損傷,尤其對于FFPE DNA更是如此。

 

 

貨號 產(chǎn)品名稱 規(guī)格

KK8514 KAPA DNA HyperPlus?文庫構(gòu)建試劑盒,含擴增 96?次

KK8512 KAPA DNA HyperPlus?文庫構(gòu)建試劑盒,含擴增 24次

KK8513 KAPA DNA HyperPlus?文庫構(gòu)建試劑盒,PCR-Free 24?次

KK8515 KAPA DNA HyperPlus?文庫構(gòu)建試劑盒,PCR-Free 96?次

 

過去幾周來自中國疾控等單位的科學(xué)家在其研究中也分別采用了QIAGEN樣本制備(QIAamp Viral RNA Mini Kit,貨號:52904)等解決方案進行了冠狀病毒的測序和基因組分析并相繼發(fā)表在國際頂尖雜志上。

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