2019年底突如其來的新型冠狀病毒，讓我們再次認(rèn)識到了廣泛分布且種類繁多的病原微生物對人類的威脅。面對一場突如其來的疫情，既要采用科學(xué)的手段快速發(fā)現(xiàn)并認(rèn)識病原微生物，同時也要基于科學(xué)的認(rèn)識制定可行的臨床檢測和治療方案。

2020年3月3日國家衛(wèi)生健康委員會發(fā)布了《新型冠狀病毒肺炎診療方案（第七版）》中明確增加了采取一系列預(yù)防控制和醫(yī)療救治措施，在病原學(xué)檢測方面，增加“采用RT-PCR或/和NGS方法”進(jìn)行核酸檢測來進(jìn)行診斷，華雅思創(chuàng)生物作為生物試劑行業(yè)內(nèi)的一員，愿推出高品質(zhì)、高穩(wěn)定性、高性價比的產(chǎn)品，為戰(zhàn)勝疫情貢獻(xiàn)綿薄之力。

新興的高通量基因測序技術(shù)通過直接對病毒基因組進(jìn)行全面分析，對于2019-nCoV的首先確認(rèn)、動態(tài)分析、進(jìn)化來源以及致病機(jī)制、傳播途徑研究等具備了無可比擬的優(yōu)勢。

2 月 3 日，復(fù)旦大學(xué)張永振教授團(tuán)隊對患者支氣管肺泡灌洗液進(jìn)行了宏基因組二代測序（mNGS），鑒定出了一種新型冠狀病毒，并發(fā)現(xiàn)該病毒基因組與蝙蝠體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的 SARS 樣冠狀病毒基因組有 89.1% 的相似性。

2 月 20 日，bioRxiv 平臺發(fā)布了華南農(nóng)業(yè)大學(xué)沈永義教授、肖立華教授團(tuán)隊通過對穿山甲樣品進(jìn)行宏基因組分析，該團(tuán)隊發(fā)現(xiàn)穿山甲為新型冠狀病毒潛在中間宿主。

什么是宏基因組二代測序

所謂宏基因組二代測序，是不基于培養(yǎng)，直接從環(huán)境/臨床樣品中提取全部微生物的DNA，利用基因組學(xué)的研究策略研究環(huán)境中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落功能，可廣泛分析臨床樣本微生物組（細(xì)菌、真菌、病毒）的高通量測序方法。

傳統(tǒng)的檢測方法在敏感性，特異性，時效性，信息量等方面存在局限，而且對于未知或者罕見的病原微生物，無法快速識別。而mNGS從取樣，核酸提取及建庫到測序、生信分析及報告，整個過程約24小時。

目前該技術(shù)已經(jīng)納入的病原體有8000多種，其中包括3000余種細(xì)菌，4000余種病毒，200 余種真菌和140種寄生蟲，為疑難危重癥及罕見病原微生物感染的診斷提供了有效的技術(shù)手段。

宏基因組二代測序的檢測流程可以大致分為5個步驟：核酸提取、文庫構(gòu)建、上機(jī)測序、生物信息學(xué)分析與報告解讀。

基因測序是能夠動態(tài)追蹤病毒變異的唯一方法。具體來看，對于不同的臨床樣本，核酸提取前需要進(jìn)行不同的前處理，比如痰液液化、破壁、去宿主等以提高病原體檢出率。RNA轉(zhuǎn)錄本身有更高的豐度和復(fù)雜度，又容易降解，需要在文庫構(gòu)建前進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄，生成 cDNA。文庫構(gòu)建的目的在于給未知序列的核酸片段兩端加上已知序列信息的接頭以便于測序，單樣本文庫構(gòu)建完成后需要經(jīng)歷?PCR?擴(kuò)增、再將多個文庫樣本混合后進(jìn)行測序。

新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案中闡述的病例確診方式就包括“呼吸道標(biāo)本或血液標(biāo)本病毒基因測序，與已知的新型冠狀病毒高度同源”，相較于RT-PCR檢測，基因測序能夠動態(tài)監(jiān)測病毒變異，在準(zhǔn)確性和通量上也具有優(yōu)勢。

考慮到病原體隨時會有變異可能以及陽性檢出率問題，NGS技術(shù)無疑會彌補(bǔ)這一缺陷，制備高質(zhì)量的RNA文庫至關(guān)重要。

Illumina作為測序行業(yè)的龍頭企業(yè)，所占市場份額達(dá)70%，2006年收購Solexa公司，獲得新一代高通量測序技術(shù)，從而成為目前市場上的主流測序技術(shù)公司，Illumina測序絕對是主導(dǎo)地位的，幾乎沒有其他的公司可以撼動它。華雅思創(chuàng)生物提供基于?Illumina平臺的高效測序試劑盒。

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